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BioMCP-TS

Registre officiel Données et bases de données

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

Code source Site web

Installation

Ajoutez ceci à la configuration MCP de votre client (Claude Desktop : claude_desktop_config.json ; Cursor : .cursor/mcp.json ; VS Code et les autres utilisent la même forme « mcpServers »).

NPM package biomcp
Claude Code 
claude mcp add biomcp-ts -e 'ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM>' -e 'ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R>' -e 'DB_TYPE=<DB_TYPE>' -e 'NCBI_API_KEY=<your ncbi_api_key>' -e 'S2_API_KEY=<your s2_api_key>' -e 'OPENFDA_API_KEY=<your openfda_api_key>' -e 'ONCOKB_TOKEN=<your oncokb_token>' -e 'DISGENET_API_KEY=<your disgenet_api_key>' -- npx -y biomcp@1.4.3
Configuration JSON (Claude Desktop, Cursor, VS Code) 
{
    "mcpServers": {
        "biomcp-ts": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "biomcp@1.4.3"
            ],
            "env": {
                "ANALYSIS_BIOWASM": "<ANALYSIS_BIOWASM>",
                "ANALYSIS_R": "<ANALYSIS_R>",
                "DB_TYPE": "<DB_TYPE>",
                "NCBI_API_KEY": "<your ncbi_api_key>",
                "S2_API_KEY": "<your s2_api_key>",
                "OPENFDA_API_KEY": "<your openfda_api_key>",
                "ONCOKB_TOKEN": "<your oncokb_token>",
                "DISGENET_API_KEY": "<your disgenet_api_key>"
            }
        }
    }
}

Variables d'environnement

  • ANALYSIS_BIOWASM Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
  • ANALYSIS_R Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
  • DB_TYPE Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools
  • NCBI_API_KEY secret Higher NCBI E-utilities rate limits (3 -> 10 req/s)
  • S2_API_KEY secret Higher Semantic Scholar rate limits
  • OPENFDA_API_KEY secret Higher OpenFDA rate limits
  • ONCOKB_TOKEN secret Required by the variant_oncokb tool (OncoKB annotations)
  • DISGENET_API_KEY secret Required for DisGeNET disease-gene associations

Questions fréquentes

Qu'est-ce que BioMCP-TS ?

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

Comment installer BioMCP-TS ?

Il s'exécute sur votre machine. Dans Claude Code : claude mcp add biomcp-ts -e 'ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM>' -e 'ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R>' -e 'DB_TYPE=<DB_TYPE>' -e 'NCBI_API_KEY=<your ncbi_api_key>' -e 'S2_API_KEY=<your s2_api_key>' -e 'OPENFDA_API_KEY=<your openfda_api_key>' -e 'ONCOKB_TOKEN=<your oncokb_token>' -e 'DISGENET_API_KEY=<your disgenet_api_key>' -- npx -y biomcp@1.4.3. Pour les autres clients, collez la configuration JSON de cette page dans leurs réglages MCP.

Faut-il une clé API pour BioMCP-TS ?

Oui. Il attend NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY, à renseigner dans sa configuration.

BioMCP-TS est-il open source ?

Son code est public sur GitHub, mais le dépôt ne déclare pas de licence standard.

Qui maintient BioMCP-TS ?

Il est publié par yeyuan98. AI.tn le référence sans le maintenir ni le recommander.

Issu du registre MCP officiel. Être listé n'est pas une recommandation : vérifiez le code et les permissions d'un serveur avant de lui donner accès à vos données.