English Français العربية

BioMCP-TS

السجل الرسمي البيانات وقواعدها

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

الشيفرة المصدرية الموقع

التثبيت

أضف هذا إلى إعدادات MCP في عميلك (Claude Desktop: claude_desktop_config.json، وCursor: ‏.cursor/mcp.json، ويستخدم VS Code وغيره الصيغة نفسها «mcpServers»).

NPM package biomcp
Claude Code 
claude mcp add biomcp-ts -e 'ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM>' -e 'ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R>' -e 'DB_TYPE=<DB_TYPE>' -e 'NCBI_API_KEY=<your ncbi_api_key>' -e 'S2_API_KEY=<your s2_api_key>' -e 'OPENFDA_API_KEY=<your openfda_api_key>' -e 'ONCOKB_TOKEN=<your oncokb_token>' -e 'DISGENET_API_KEY=<your disgenet_api_key>' -- npx -y biomcp@1.4.3
إعداد JSON (Claude Desktop وCursor وVS Code) 
{
    "mcpServers": {
        "biomcp-ts": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "biomcp@1.4.3"
            ],
            "env": {
                "ANALYSIS_BIOWASM": "<ANALYSIS_BIOWASM>",
                "ANALYSIS_R": "<ANALYSIS_R>",
                "DB_TYPE": "<DB_TYPE>",
                "NCBI_API_KEY": "<your ncbi_api_key>",
                "S2_API_KEY": "<your s2_api_key>",
                "OPENFDA_API_KEY": "<your openfda_api_key>",
                "ONCOKB_TOKEN": "<your oncokb_token>",
                "DISGENET_API_KEY": "<your disgenet_api_key>"
            }
        }
    }
}

متغيرات البيئة

  • ANALYSIS_BIOWASM Set to 1 to enable the samtools/bedtools/bcftools biowasm analysis tools
  • ANALYSIS_R Set to 1 to enable the R/Bioconductor analysis tools (requires the webr peer dependency; use the pinned one-shot client command)
  • DB_TYPE Set to mysql or sqlite to enable the read-only SQL database tools
  • NCBI_API_KEY سري Higher NCBI E-utilities rate limits (3 -> 10 req/s)
  • S2_API_KEY سري Higher Semantic Scholar rate limits
  • OPENFDA_API_KEY سري Higher OpenFDA rate limits
  • ONCOKB_TOKEN سري Required by the variant_oncokb tool (OncoKB annotations)
  • DISGENET_API_KEY سري Required for DisGeNET disease-gene associations

الأسئلة الشائعة

ما هو BioMCP-TS؟

Biomedical MCP server: genes, variants, trials, literature, patents, optional SQL/R/biowasm tools.

كيف أثبّت BioMCP-TS؟

يعمل على جهازك. في Claude Code: claude mcp add biomcp-ts -e 'ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM>' -e 'ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R>' -e 'DB_TYPE=<DB_TYPE>' -e 'NCBI_API_KEY=<your ncbi_api_key>' -e 'S2_API_KEY=<your s2_api_key>' -e 'OPENFDA_API_KEY=<your openfda_api_key>' -e 'ONCOKB_TOKEN=<your oncokb_token>' -e 'DISGENET_API_KEY=<your disgenet_api_key>' -- npx -y biomcp@1.4.3. وفي العملاء الآخرين، الصق إعداد JSON من هذه الصفحة في إعدادات MCP الخاصة بهم.

هل يحتاج BioMCP-TS إلى مفتاح API؟

نعم. يتطلب NCBI_API_KEY, S2_API_KEY, OPENFDA_API_KEY, ONCOKB_TOKEN, DISGENET_API_KEY، وتضبطها في إعداداته.

هل BioMCP-TS مفتوح المصدر؟

شيفرته علنية على GitHub، لكن المستودع لا يعلن ترخيصًا قياسيًا.

من يصون BioMCP-TS؟

ينشره yeyuan98. يدرجه AI.tn لكنه لا يصونه ولا يوصي به.

من سجل MCP الرسمي. الإدراج ليس توصية: راجع شيفرة الخادم وصلاحياته قبل منحه الوصول إلى بياناتك.